La política de cohesión es la que más errores presenta en las cuentas de la UE. El Tribunal de Cuentas ha emitido una opinión favorable al pasado ejercicio tras el dictamen de una auditoría externa. El presidente del Tribunal, Victor Caldeira, ha destacado la fiabilidad de los pagos comunitarios, que en 2008 ascendieron a 117.000 millones de euros, aunque también ha reconocido que «las cuentas no son perfectas».

Siim Kallas, vicepresidente de la Comisión y responsable de Asuntos Administrativos, Auditoría y Lucha contra el Fraude, ha sido muy firme al declarar «no permitiremos clemencia alguna: la Comisión Europea recuperará el dinero en todos los casos en los que las administraciones nacionales no consigan gastarlo correctamente».

Los auditores calculan que al menos el 11 % de los pagos realizados por los Estados miembros en nombre de la UE para proyectos regionales y de empleo dentro de la política de cohesión no se deberían haber hecho. Muchos de estos pagos erróneos se deben a la aplicación incorrecta de los complicados procedimientos financieros de la UE y no significa en realidad que los proyectos hayan fracasado o que los fondos se hayan perdido, la Comisión europea reclamará todos esos pagos incorrectos a los Estados miembros.

En 2008, se inició el proceso para recuperar 2.900 millones euros en todos los sectores estratégicos. Sólo en pagos de cohesión la reclamación aumentó en el año 2008 cuatro veces respecto al año anterior.

Para evitar que se repitan los errores, la Comisión ha simplificado los procedimientos y ha aumentado la información y la orientación a los Estados miembros.