Los programas operativos se ajustan a las necesidades y retos de cada región. Desde la investigación y la innovación hasta el crecimiento de las pymes, la innovación y la transición hacia una economía ecológica. Según Corina Crețu, Comisaria Europea de Política Regional, «estos programas beneficiarán a los ciudadanos y las empresas de dichas regiones. Ayudarán a España a continuar mejorando su situación económica, con la creación de empleo sostenible y crecimiento.»

La financiación canalizará hacia la investigación y el desarrollo (I+D) unas inversiones vitales, prestando apoyo a las empresas privadas para llevar a cabo actividades de I+D, reforzando la cooperación entre empresas y centros de investigación y fomentando las inversiones privadas en I+D. Los fondos ayudarán a las pequeñas y medianas empresas (pymes) a innovar y a expandirse hacia nuevos mercados, de acuerdo con las estrategias de «especialización inteligente» de las regiones.

Aragón: Con un presupuesto total de unos 240 millones de euros, de los cuales la UE aportará unos 120 millones, Aragón va a promover la investigación y la innovación con arreglo a la estrategia de especialización inteligente de la región. Como consecuencia de estas inversiones, se espera que participe en actividades innovadoras que generen crecimiento y empleo más de un tercio de las empresas de la región. Uno de los principales focos de las inversiones dentro del programa son las TIC, y Aragón persigue el objetivo de que el 100 % de la población tenga acceso a una velocidad de banda ancha igual o superior a 30 Mbps. El programa está concebido igualmente para ayudar a Aragón a pasar a una economía de bajas emisiones de carbono, aumentando su capacidad de producción de electricidad a partir de fuentes renovables hasta llegar a 4 183 MW.

Asturias: El presupuesto total del programa asciende a unos 317 millones de euros, a los que el FEDER contribuirá con alrededor de 254 millones. Más de dos tercios de los fondos disponibles se concentrarán en la investigación y la innovación, la competitividad de las pymes y la protección del medio ambiente. Los resultados previstos incluyen un incremento del 10 % en el número de pymes de la región que exportan al extranjero, un mayor gasto del sector privado en I+D y un aumento del 20 % en el volumen de aguas residuales tratadas, lo que ayudará a Asturias a cumplir la legislación medioambiental de la UE.

Castilla y León: Está previsto que la innovación y la economía del conocimiento se beneficien del programa de Castilla y León para 2014-2020, cuyo presupuesto total es de unos 629 millones de euros, de los que alrededor de 314 millones proceden del FEDER. El programa tiene por objeto apoyar la transferencia de conocimientos especializados a través de más de 700 asociaciones entre empresas y centros de investigación, y conectar a la totalidad de la población de la región a la banda ancha de alta velocidad de 30 Mbps o superior. Castilla y León también invertirá en mejorar el medio ambiente, por ejemplo en instalaciones de tratamiento de aguas residuales para unas 136 000 personas.

Madrid: El programa, con un presupuesto total de aproximadamente 475 millones de euros, de los que la UE aportará unos 250 millones, está destinado a impulsar el crecimiento y el empleo en la región a través de inversiones en actividades de alto valor añadido. La investigación y la innovación recibirán un fuerte impulso, previéndose la generación de más de 500 asociaciones entre empresas y centros de investigación y la mejora de las instalaciones de investigación para más de 6 000 investigadores. También será posible reducir las emisiones de carbono gracias a la adquisición de 200 vehículos de transporte público de alta eficiencia energética y el desarrollo de 6,81 MW de capacidad adicional para la producción de energía a partir de fuentes renovables. El programa también fomentará la vivienda social y la conservación del patrimonio cultural de las regiones.

Melilla: La transición a una economía de bajas emisiones de carbono y la protección del medio ambiente son las principales prioridades de este programa, que se beneficiará de la financiación de la UE por un valor aproximado de 49 millones de euros y cuenta con un presupuesto total de alrededor de 61 millones. Las inversiones estarán destinadas a favorecer un uso más eficiente de los recursos naturales, la movilidad sostenible y la eficiencia energética de los edificios públicos. Se espera que la cuota de las energías renovables en el consumo energético aumente del 4 al 10 %. Además, gracias a las inversiones en infraestructuras de educación y formación, se prevé que se reduzca el tamaño de las clases.