El Consejo Europeo de Política y Seguridad ha hecho los nombramientos de los comandantes en las dos operaciones militares que lleva a cabo la Unión Europea actualmente. Ambos comandantes ejercen el control y mando de las fuerzas desplegadas en cada una de las dos misiones y son responsables de planear y ejecutar las acciones militares responsabilidad de la UE.

García de Paredes reemplazará en el puesto al contraalmirante italiano Enrico Credendino desde el próximo 6 de diciembre. El español dirigirá la operación hasta marzo de 2013 a bordo de la fragata «Méndez Núñez», que zarpó el 22 de noviembre de la base naval de Rota y será el nuevo buque de mando de la misión.

La UE puso en marcha Atalanta en diciembre de 2008, bajo el amparo de diversas resoluciones del Consejo de Seguridad de Naciones Unidas, para aumentar la seguridad de los barcos que navegan ante las costas de Somalia y en el océano Índico y luchar contra la amenaza de los grupos de piratas de la zona.

Por otra parte, el 3 de diciembre el general Heidecker se hará cargo de la Operación Althea reemplazando el general Robert Brieger al frente de la misma desde diciembre de 2011. EUFOR Althea colabora con el Tribunal Internacional para la antigua Yugoslavia para la detención de las personas perseguidas por crímenes de guerra y busca proporcionar un entorno de seguridad que permite a la policía actuar contra el crimen organizado. El control político y la dirección estratégica de EUFOR Althea es ejercido por el Comité Político y de Seguridad (COPS), bajo responsabilidad del Consejo de la UE. La fuerza está principalmente compuesta por un batallón multinacional, basado en Sarajevo.