Los Estados miembros son los responsables de las irregularidades en la asignación de los fondos europeos y de la verificación de su correcta aplicación. Por su parte, la Comisión realiza más de cien auditorías aleatorias al año, para comprobar que los controles de los Estados y las respuestas a las "deficiencias" son correctos. Si no es así reclama las ayudas que se han gastado de forma indebida.

Este es el caso de España, entre otros, la Comisión Europea reclama 70,96 millones de euros de ayudas que se dieron al sector del aceite de oliva por la aplicación incorrecta de las tolerancias técnicas y un mal control de los rendimientos en la asignación del presupuesto durante el periodo 2003 a 2006.

Otros 37,25 millones de euros que se asignaron al sector de las frutas y hortalizas y que se aplicaron a la gestión medioambiental del envasado y otras categorías que no eran subvencionables en el presupuesto 2006 a 2008. Por último 7,6 millones de euros por primas a la ganadería a la que no se hicieron los debidos controles sobre el terreno.

La Comisión también reclama fondos a Bulgaria, Dinamarca, Francia, Grecia, Italia, Países Bajos Portugal, Rumanía y Reino Unido. Alemania, sin embargo, va a recibir una pequeña cantidad que se le debe.

Estas correcciones se hacen periódicamente después de un proceso de conciliación entre el ejecutivo de Bruselas y cada Estado miembro al que se encuentre alguna irregularidad y tras valorar de manera objetiva los motivos y el riesgo del uso indebido de los fondos.