La decisión del Gobierno español de limitar las importaciones de biodiésel argentino se tomó en respuesta a la polémica expropiación por el ejecutivo de Buenos Aires del 51% de YPF, filial de Repsol. Argentina ha pedido consultas con la UE y con España en el seno de la OMC por considerar discriminatoria la decisión de Madrid, que básicamente consiste en sustituir el biodiesel argentino por el de otros países europeos.

La orden española transpone una directiva europea sobre energías renovables y, según la UE, está en línea con las normas de la OMC. Sin embargo, un portavoz de Comercio de la Comisión Europea ha asegurado que «nos implicaremos de buena fe en las consultas, que esperamos que sean fructíferas. Estamos en estrecho contacto con las autoridades españolas y argentinas sobre esta cuestión».

En Argentina se habla de proteccionismo europeo y , según la queja presentada por el gobierno de Buenos Aires, la nueva normativa española discrimina las importaciones de biodiesel de su país en favor del producido en la UE y eso «dejaría fuera del mercado al producto argentino».

La orden aprobada por el Ministerio de Industria español asigna a las plantas españolas y comunitarias determinadas cantidades de producción de biodiesel, que serán las únicas tenidas en cuenta para rendir cuentas ante Bruselas sobre el cumplimiento de los objetivos de incorporación de energías alternativas. La consecuencia es que, en la práctica, se limita la entrada de producto procedente de Argentina.

En 2011, las importaciones de biodiesel argentino representaron casi la mitad de las 1,6 millones de toneladas que se consumieron en total en España.