Magdalena Álvarez fue nombrado Vicepresidenta del BEI en junio de 2010 como uno de los nueve miembros del Comité de Dirección del Banco. Sus actividades, según la nota del Banco Europeo de Inversiones (BEI), han sido de gran importancia para España, que ha sido el mayor receptor de préstamos del BEI durante los años de su mandato.

El presidente del banco europeo explica que Álvarez ha sido particularmente activa en el aumento de la participación del BEI en los préstamos a las PYME, "contribuyendo así al crecimiento y el empleo en circunstancias económicas difíciles".

También en Portugal, como una respuesta a la crisis financiera, la vicepresidenta Alvarez "ha actuado de una manera proactiva y eficaz, garantizando la participación continua del Banco de la UE en la financiación de proyectos". Magdalena Álvarez era vicepresidenta del BEI para España y Portugal y durnte su mandato la entidad concedió 1,5 mil millones de euros para la cofinanciación de proyectos con fondos de la UE. Otro paso importante fue la firma de la garantía de la cartera de Estado que permitió la prestación de apoyo financiero a la economía portuguesa, en particular a las pequeñas y medianas empresas.

El propio presidente del BEI, Werner Hoyer, se hace cargo de las responsabilidades de Magdalena Álvarez mientras se nombra a su sucesor.

Este martes, poco antes de presentar la dimisión Magdalena Álvarez decía ante los micrófonos de la Cadena SER que su renuncia al cargo no se ha debido a estar imputada por el caso de los ERE de Andalucía, sino "porque De Guindos y Rajoy quieren poner a otra persona en mi puesto" y "todo tiene un límite" y el Gobierno ha "pasado todas las fronteras (en su caso)".