«¿Las víctimas del franquismo tienen menos derechos que las víctimas de Pinochet?», se ha preguntado el portavoz de Human Rights Watch, Reed Brody, al recordar que Garzón ha aplicado los mismos principios que promovió con éxito en el exterior, en el caso de Pinochet. En su opinión, el juicio tiene un «efecto de intimidación», que atenta contra la independencia de los jueces.

Brody ha sido contundente en su denuncia al señalar que «es la primera vez que en una democracia consolidada se procesa a un juez por defender los derechos humanos... la primera vez que en la UE un juez es sometido al derecho penal por perseguir crímenes internacionales».

El consejero jurídico de Amnistía Internacional, Hugo Relva, ha dicho que el proceso a Garzón es «de naturaleza escandalosa» porque «la obligación de España y de cualquier estado es perseguir cualquier violación de derechos humanos y no se puede juzgar a ningún juez por hacerlo».

El presidente de la Comisión Internacional de Juristas, Pedro Nikken, ha calificado de «extremadamente preocupante» que se quiera castigar a Garzón por investigar hechos que ofenden a la comunidad internacional. Nikken ha dicho que las tres organizaciones internacionales, junto a la española Asociación para la Recuperación de la Memoria Histórica, acudirán al juicio como observadores «imparciales», pero «no neutrales» porque los valores en los que se apoyó Garzón son «universales».

El juez Baltasar Garzón está imputado por haberse declarado competente para investigar en la Audiencia Nacional la desaparición forzada de más de 100.000 personas entre 1936 y 1951 y por no aplicar en su instrucción la Ley de Amnistía de 1977. Las acusaciones piden para él 20 años de inhabilitación y la fiscalía pide la absolución.