La Directiva Hábitats y LIFE son dos instrumentos clave para la conservación y la utilización sostenible de los recursos naturales de la UE y protección de gran número de especies de fauna y flora en toda Europa. A la vez la Directiva creaba la red Natura 2000 de áreas protegidas. El comisario de Medio Ambiente Janez Potočnik, cree que se ha avanzado mucho en la protección de la naturaleza europea en estas dos décadas, aunque «la naturaleza sigue necesitando nuestra ayuda y nos compensará con creces con los servicios que nos brinda». La red Natura 2000 agrupa a más de 26.000 espacios protegidos en un área equivalente a la de Alemania, Polonia y la República Checa juntas. Se calcula que estos espacios reciben entre 1.200 y 2.200 millones de visitas al año que dejan unos beneficios de entre 5.000 y 9.000 millones de euros anuales.
Pero no todo es de color de rosa. En España la Red Natura 2000 tiene 1.752 espacios que ocupan más de la cuarta parte del territorio nacional, 147.591 km2, de los que la gran mayoría 137.317 km2 son terrestres. En el mar solo hay un 1 por ciento de la superficie marina. WWF advierte de que es urgente que complete la propuesta de declaraciones antes de que termine 2012 o deberá afrontar sanciones de la UE, como ya ha sucedido con Canarias.
El problema, según la organización ambientalista, está en la puesta en marcha de los planes de gestión una vez declaradas las zonas. La buena gestión significa recibir fondos europeos, impulsar las actividades tradicionales y mantener el empleo en las zonas rurales a las que pertenecen estos espacios.
Navarra es la Comunidad Autónoma que primero aprobó planes de gestión y que cumple la normativa europea, otras no lo hacen completamente o lo hacen muy tarde tras tener que pagar multas.